4.0.1が公開されていたのでアップデートしましたが・・・。
一から根本的に作り直したことの弊害で、まだまだバグもしくは使いづらい仕様が多いです。
とりあえずゲーム画面を本来のサイズ（100%のサイズ）で表示させるには自分で色々計測した上で直接設定ファイルの数値を弄る必要があり、これは一般の人には難易度高いでしょう。
ちなみにWindows7の場合、
SpinHomePort 4.0.1\ShapeMemory\Spinpreach.SpinHomePortBrowser.Forms.MainForm.xml
を開いて
818
586
とすればちょうど100%になります。
他にも色々ありますが、今まさにバグ修正の真っ最中っぽいので次回のアップデートを待機中。